Pabėgėlių priėmimo centre yra įrengtas skyrius, kuriame apgyvendinami nelydimi nepilnamečiai užsieniečiai, atvykę į Lietuvą be tėvų ar globėjų.
Vaikai aprūpinami visomis jų poreikius atitinkančiomis priemonėmis (materialinėmis, higienos, buities, mokymo ir pan.). Jiems yra teikiamos socialinės pagalbos, ugdymo, mokymo, psichologinės paramos bei medicininės  paslaugos. Nelydimų nepilnamečių užsieniečių rūpybos klausimus koordinuoja ir vaikų teises atstovauja paskirtas socialinis darbuotojas.

Nelydimi nepilnamečiai užsieniečiai yra mokomi lietuvių kalbos pagal individualią programą. Valstybinės kalbos kursas padeda vaikams įgyti būtiniausių lietuvių kalbos žinių ir pasiruošti mokymuisi Lietuvos bendrojo lavinimo mokyklose.

Pabėgėlių priėmimo centre vykdomos kelios ugdymo ir pagalbos teikimo programos, skirtos nelydimiems nepilnamečiams užsieniečiams, tai: dorovinio, socialinių įgūdžių bei darbinės veiklos ugdymo, Lietuvos visuomenės pažinimo, profesinio orientavimo bei psichologinės paramos programos.

Psichokorekcinės darbo su nelydimais nepilnamečiais užsieniečiais programos tikslas – teikti psichologinę pagalbą užsieniečiams, turintiems elgesio bei mokymosi sunkumų. Pagalba teikiama programoje numatytomis priemonėmis, esant poreikiui, dirbant individualiai ir grupėje.

Nepilnamečių Savitarpio paramos grupės tikslas – apjungti skirtingų tautybių ir religijų nelydimus nepilnamečius vaikus, gyvenančius PPC, bendrai veiklai savitarpio paramos grupėje. Užsiėmimų metu ugdomi vaikų savipagalbos resursų pažinimo ir socialiai priimtino šių resursų naudojimo įgūdžiai; padedama vaikams pažinti save, sprendžiant paauglystės amžiui būdingą identiteto problemą; mažinama psichologinę krizę patyrusių vaikų izoliaciją, suteikiant emocinę/psichologinę paramą grupinės terapijos metodais.

Nepilnamečių dorovinio ugdymo programos tikslas – formuoti neigiamą požiūrį į žalingus įpročius ir skatinti jų prevenciją. Užsiėmimų metu sudaromos sąlygos atskleisti bendrąsias žmogaus vertybes ir jomis grįsti asmeninį bei viešąjį savo gyvenimą. Taip pat kurti savęs suvokimo ir pozityvių santykių su kitais žmonėmis pagrindus.

Darbinio ugdymo užsiėmimų tikslas – išugdyti savarankišką, savimi pasitikinčią asmenybę – nelydimą nepilnametį. Paruošti jį savarankiškam gyvenimui, skatinti darbinę veiklą, suteikti darbinės veiklos teorinių ir praktinių įgūdžių.

Lietuvių visuomenės pažinimo kursas skirtas supažindinti nelydimus nepilnamečius užsieniečius su Lietuvos kultūra, tradicijomis, istorija, geografine padėtimi, ekonomika ir pagrindiniais įstatymais.

Plečiant paauglių akiratį, organizuojamos pažintinės ekskursijos bei išvykos į Lietuvos muziejus, istorines vietas. Taip pat organizuojami susitikimai su įvairių Lietuvos vidurinių mokyklų mokiniais.

Pabėgėlių priėmimo centro darbuotojai, tiesiogiai dirbantys su nelydimais nepilnamečiais užsieniečiais, bendradarbiauja su Jonavos Vaikų teisių apsaugos tarnyba, Jonavos ir Ruklos vidurinėmis mokyklomis.